在养殖中，一旦发现对虾有经常“扒沙”症状，捉虾时可见虾体粗糙，头胸甲上有发黄、发青的絮状物，脚黄，鳃黄，蜕壳困难；水质浑浊、透明度及水色不清爽，调水、肥水不爽不起，有时塘边底皮及虾罾上附着有大量粘稠或成块的脏东西，可怀疑对虾可能寄生纤毛虫。此时要尽快确定病情，及时到药店做镜检。
夏季对虾摄食量大，饲料投喂量随之加大，又没有定期改底，残饵、粪便在池塘底部越积越多，底部缺氧发臭，再加上近期南方地区普遍强降雨，给纤毛虫繁殖提供了可乘之机，那么纤毛虫要防治措施有哪些呢？
1、放苗前，彻底清淤，适当加深水位；放苗后，加强水质调控，避免水清澈见底，暴发青苔、泥皮。
2、彻底清塘。放苗后定期使用降解型底质改良剂，减少底部污染，给纤毛虫“断粮”，同时可有效抑制虫卵。适当开启增氧设备 ，充足的溶解氧对抑制纤毛虫很有作用。
3、加强养殖池塘盐度调控。保持盐度不低于7%，尤其遇上连续阴雨天，需特别注意。
4、保证营养需求，增强自身抗虫能力。提前投喂，同时使用龙昌胆汁酸拌料，保护对虾肝胰腺，提高对虾抗病力，有助于对虾脱壳激素分泌，促进顺利脱壳。
一般在对虾感染了纤毛虫时会杀虫剂、抗菌素和大部分的消毒药，对纤毛虫疾病都很难达到预期的治疗和预防效果的。能够杀灭南美白对虾纤毛虫的杀虫剂很多，比如硫酸锌、硫酸铜+硫酸亚铁合剂等效果都很明显。不过这些效果明确的杀虫剂使用后会有一些难以预计的后果，比如破坏水质，比如对虾的毒性。
对于对虾纤毛虫的处理方法，要根据对虾大小、对虾体质、天气、对虾吃料及有无蜕壳采用不同的方法处理纤毛虫，该杀时要杀但切忌一通乱杀，纤毛虫是杀死了，对虾也受不了。可通过促脱壳来促进纤毛虫的脱落，通过改底，同时进适量的外源水，拌料车静驱除纤毛虫，内服驱除对虾体表纤毛虫，外泼抑制纤毛虫繁殖，且无毒副作用，不伤虾不影响摄食，同时配合妙补可促进对虾大量蜕壳。
对于纤毛虫能不杀尽量不杀，杀虫情况比较复杂。养虾防重于治，调好水质，养殖环境好了，虾自然也是好的。